C начала 1960-х гг. активно занимается теорией и практикой организации заповедного дела. С 1966 г. – заместитель директора по науке Приокско-Террасного заповедника; в 1968–1969 гг. работает в Главном управлении по охране природы, заповедникам и охотничьему хозяйству Министерства сельского хозяйства СССР. От проблем аутэкологии и популяционной экологии Реймерс впоследствии переходит к изучению проблем теоретической экологии, эколого-экономической науки (биоэкономики) и экологии человека. Активно пропагандирует и популяризирует науку, охрану природы, заповедное дело и рациональное природопользование. В 1988 г. становится первым председателем Экологического союза СССР. C 1992 г. – один из организаторов и первый декан экологического факультета МНЭПУ. С 1993 г. в МНЭПУ ежегодно проводятся Научные чтения памяти Н.Ф. Реймерса.
В своих работах Реймерс раскрывал теории, законы, правила, принципы, гипотезы экологии в рамках иерархии природных, социальных и технических систем. Уделял большое внимание социально-экономическим и другим прикладным аспектам экологии, прежде всего их роли в охране природы и рациональном использовании естественных ресурсов. Стремился установить взаимодействие между представителями естественных, общественных, технических наук.